Cai sữa là đại diện một trong số các thách thức mà heo con phải vượt qua. Ở giai đoạn này, đường tiêu hóa của heo con phải thích nghi với sự hấp thu chất dinh dưỡng từ sữa, khả năng tiêu hóa thành phần thức ăn chủ yếu có nguồn gốc thực vật, điều đó có nghĩa là heo con phải phát triển được khả năng của enzym để đáp ứng với mục đích này. Lượng ăn vào thấp sau cai sữa là một vấn đề thường gặp và theo thường lệ thì vấn đề này đã được xử lý thông qua việc tăng hàm lượng dinh dưỡng của thức ăn.

Như đã biết, khi sinh ra đường tiêu hóa heo con có hệ vi sinh rất ít vi khuẩn, hệ vi sinh này được hình thành và dễ biến đổi trong những tuần đầu, do đó nó dễ bị thay đổi bởi các yếu tố như nhiễm trùng, thay đổi chất nền thức ăn, và đặc biệt là khi sử dụng thuốc kháng sinh. Thông thường, hệ vi sinh vật không ổn đnh cho đến heo được 4-5 tuần tuổi. Trong những năm gần đây, người ta đã có được nhiều kiến thức hơn về tầm quan trọng của một hệ vi sinh vật khỏe mạnh đối với sự phát triển chức năng đường ruột – cả về chức năng hấp thu chất dinh dưỡng và chức năng của một cơ quan miễn dịch.

Bên cạnh đó, cai sữa là một quá trình khá căng thẳng, vì heo con có nhiều khả năng sẽ được chuyển sang một môi trường và chuồng nuôi mới, điều này làm tăng nguy cơ lây nhiễm bệnh. Trong hầu hết các hệ thống chăn nuôi heo hiện nay thì cai sữa cho heo con xảy ra vào đúng thời điểm mà hệ miễn dịch thụ động từ sữa mẹ bị mất dần và hệ thống miễn dịch của heo con chưa được phát triển đầy đủ.